Bilgi ağının zirveye ulaştığı bir çağda gerçek dünya ve sanal ağ dünyası 'Wired' birlikte gelişmiştir. Steppen Wolf adlı hacker grubunun üyesi Souma Tooru, BM kuvvetlerine yapılan son saldırıda takım lideri arkadaşı Yuuya'yı kaybeder. Ordu tarafından yakalanan Tooru, serbest bırakılma karşılığında anti-hacker örgütü için çalışmak zorunda kalır. Arkadaşının katilini ararken teröristler, güvenlik şirketleri ve ordu arasındaki üç yönlü savaş kızışır.